این نهاد ماموریت خود را بر مبنای ایفای نقش تسهیلگری در جهت اثربخشی برای بازساخت حکمرانی آب کشور از طریق آگاه و هشیارسازی عمومی و تصمیم گیرندگان تعیین کرده است.
انديشکده تحقق ماموریت خود را با تاکید بر رویکرد اجتماعی و فرهنگی از طریق افزایش آگاهی‌ها و ظرفیت‌های اجتماعی، بسترسازی لازم برای انجام گفت وگو و تبادل‌نظر و تقویت ارتباطات در جهت توسعه ظرفیت‌های جامعه برای تغییر رفتارهای سیاستی و مدیریتی، با تاکید بر نقش تسهیلگری خود، دنبال می‌کند.