هدف‌های استراتژیک مورد نظر اندیشکده برای رسیدن به ماموریت فوق عبارتست از:
اندیشکده، در تهیه و تدوین برنامه فعالیت‌های خود، جهتگیریهای استراتژیک را برای افق‌های زمانی مختلف انتخاب کرده است:
یکی از ارکان اصلی حکمرانی خوب و موثر آب را مشارکت فعالانه و داوطلبانه بخش خصوصی و جوامع مدنی تشکیل می‌دهد. لذا منطقی است که برای آماده‌سازی و فراهم نمودن بستر مناسب برای چنین مشارکتی، ابتدا، آگاهی لایه‌های موثرتر و مستعدتر اجتماعی (تصمیم‌گیرندگان و سیاست‌گذاران، مشاوران، پژوهشگران و فعالان رسانه‌ای) دربارۀ حکمرانی آب ارتقاء یابد. این موضوع با کمک به انتشار آگاهی‌ها، دانش و بینش کنشگران از مبانی و تشخیص واقعی مسائل و مشکلات را بهبود داده و ایشان را برای پذیرفتن نقش اجتماعی (انتخاب‌ها و مسئولیت) خود در سپهر مدیریت آب کشور آماده تر می‌کند. به همین دلیل در جهت‌گیری کوتاه‌مدت، گردآوری شواهد و مستندات، گسترش همفکری درباره تشخیص مسئله و راه‌حل‌های احتمالی و آگاه‌سازی لایه‌های اولیه اجتماعی به ویژه گروداران اصلی، به عنوان جهت گیری استراتژیک اندیشکده در نظرگرفته شده است. اندیشکده این جهت‌گیری را به عنوان نقطه شروع فعالیت‌های خود انتخاب نموده و تلاش خواهد نمود برنامه‌های عملیاتی خود را نیز در این جهت سازماندهی نماید.
نزدیک کردن افکارگروداران برای تغییر، ضمن ادامه جهت‌گیری کوتاه‌مدت، از طریق اهتمام به تقویت ارتباطات بین نهادهای دولتی، بخش خصوصی و لایه‌های اجتماعی (گروداران تاثیرگذار) هدف اصلی استراتژیک این مرحله را تشکیل می‌دهد. در واقع با افزایش آگاهی‌ها و ظرفیت‌های اجتماعی، زمینه‌های لازم برای ایجاد گفت و گو و تبادل نظر و تقویت ارتباطات بین سه رکن اصلی حکمرانی خوب در آب یعنی جامعه مدنی و گروداران، بخش خصوصی و نهادهای دولتی فراهم خواهد شد. در این شرایط، اندیشکده تدبیر آب ایران به عنوان یک تسهیل‌کننده می‌تواند نسبت به توسعه و تحکیم این روابط وارد عمل شده و به وظایف خود مطابق آنچه که در اساسنامه آورده شده عمل نماید. بنابراین برنامه‌های عملیاتی اندیشکده در این دوره ضمن ادامه جهت‌گیری برنامه‌های کوتاه‌مدت، در موضوع تقویت ارتباطات، اطلاع‌رسانی و شبکه‌سازی و به طور کلی ایجاد فضای بیان واقعی دیدگاه‌ها بین ارکان حکمرانی در آب متمرکز خواهد شد.
در این افق، ضمن ادامه جهتگیریهای کوتاه‌مدت (اطلاع رسانی برای زمینه سازی) و میان‌مدت(تسهیل توافق روی ضرورت اصلاحات بر اساس اقدامات مرحله قبلی) ضرورت تغییر و اصلاح نظام حکمرانی آب از طریق تدوین و توافق بر روی سیاست‌های جدید و تبدیل اندیشکده به یک نهاد مرجع و اثرگذار غیردولتی در حکمرانی آب مورد توجه است. با اجرای برنامه‌های کوتاه‌مدت و میان‌مدت جایگاه اندیشکده تدبیر آب برای جامعه و گروداران و همچنین بخش خصوصی و دولت به عنوان یک نهاد غیردولتی و مستقل شناخته خواهد شد. این وضعیت فرصتی را فراهم خواهد ساخت تا با اعتمادی که ایجاد می‌شود، اندیشکده بتواند به عنوان یک نهاد مرجع و مستقل شناخته شده و به تدریج به اصلی‌ترین هدف خود که همان اثرگذاری در حکمرانی آب می‌باشد (از طریق پیشنهاد و حمایت از تاسیس یک نهاد فراگیرغیر دولتی) نزدیک و نهایتاً این هدف را محقق سازد. بدین ترتیب برنامه‌های عملیاتی اندیشکده در این دوره علاوه بر حفظ جهتگیریهای برنامه‌های کوتاه‌مدت و میان مدت باید به گونه‌ای تنطیم و تدوین گردد تا حصول به این هداف را میسور و امکان‌پذیر نماید.